Reliģisko organizāciju un to iestāžu reģistrā reģistrē reliģiskās organizācijas, reliģisko organizāciju iestādes, kā arī Katoļu baznīcas publisko tiesību juridiskās personas.

Ierakstus reliģisko organizāciju un to iestāžu reģistrā izdara Uzņēmumu reģistrs uz pieteikuma vai tiesas nolēmuma pamata, bet valsts un reliģisko organizāciju attiecības kārto Tieslietu ministrijas izveidota struktūrvienība, nodrošinot valsts politikas izstrādi, koordināciju un īstenošanu reliģijas lietās, pēc reliģisko organizāciju lūguma sniedz tām nepieciešamās konsultācijas un palīdzību.

Pirms reliģiskās organizācijas vai tās iestādes reģistrācijas Uzņēmumu reģistrs lūdz Tieslietu ministrijas atzinumu par statūtos norādīto darbības mērķu un uzdevumu atbilstību normatīvajiem aktiem, kā arī par to, vai reliģiskās organizācijas darbība nevar apdraudēt cilvēka tiesības, demokrātisko valsts iekārtu, sabiedrības drošību, labklājību un tikumību.

Reliģisko organizāciju un to iestāžu reģistrs ir viens no jaunākajiem reģistriem. Tas sāka darboties 2009.gadā.